В последние дни Второй мировой войны молодой пилот-камикадзе Коити Сикисима, не выполнив свой смертельный приказ, совершает вынужденную посадку на небольшом острове Одо, где располагается ремонтная база японской армии. Этот выбор, продиктованный инстинктом самосохранения, навсегда изменит его жизнь и станет источником глубокой внутренней травмы. В тот же вечер базу атакует невиданное чудовище – гигантский доисторический ящер, которого местные жители в ужасе называют Годзиллой. Коити становится свидетелем беспощадного истребления гарнизона, но, парализованный страхом, вновь не решается действовать, лишь наблюдая за гибелью сослуживцев. Эта ночь оставит в его душе незаживающую рану, смешав чувство вины выжившего с непреодолимым ужасом перед воплощённой мощью природы. Вернувшись в полностью разрушенный Токио, где от его прежней жизни не осталось ничего, Коити пытается собрать осколки существования в послевоенной Японии, погружённой в нищету и отчаяние. Судьба сводит его с Норико, молодой женщиной, которая, как и он, потеряла всю семью и теперь заботится о чужом младенце, спасённом ею во время бомбёжки. Постепенно они образуют хрупкое подобие семьи, находя в совместном быте призрачное утешение. Годы спустя Коити находит работу в опасной команде по разминированию Токийского залива, где экипажи на утлых деревянных судах обезвреживают морские мины, оставшиеся со времён войны. Казалось бы, кошмар прошлого остался далеко позади, но однажды во время патрулирования из пучин вновь появляется Годзилла. Древний ящер, потревоженный американскими ядерными испытаниями на атолле Бикини, мутировал, превратившись в ещё более колоссальное и неукротимое создание, пронизанное смертоносной радиацией. Его возвращение знаменует собой начало новой, ещё более страшной войны, в которой устаревшее оружие людей бессильно против пробудившейся силы, а прошлое Коити настигает его с неумолимой жестокостью, ставя перед мучительным выбором между бегством и искуплением.